Свое название город получил от памятных захоронений кочевников. О них русский путешественник-естествоиспытатель XVIII века академик Петр Палас писал:
«Сим именем называется чрезвычайной величины Курган, о коем никакого не осталось предания, и неизвестно, воздвигнут ли оный древними обитателями сея страны… или как гробница. Покрывающая тело ни есть какой знатной особы. Холм сей в окружности имеет 240 аршин».
Во второй половине XVII века на берегу реки Тобол, у большого насыпного кургана, древней сарматской могилы, тюменским крестьянином Тимофеем Невежиным было основано укрепленное поселение Царево городище (Царев Курган). За свою историю поселение много раз отбивалось от нападения кочевников (джунгар, казахов и других), выгорало дотла и возрождалось заново.
Крепость в числе других на юге Западной Сибири защищала новые русские земли от степняков. К середине XVIII века слобода имела тройную линию укрепления и насчитывала около тысячи служилых людей и 28 пушек. Гарнизон крепости был самым крупным во всем Притоболье.
С освоением русскими новых земель на юге и востоке, само название «крепость» постепенно стало утрачивать свое оборонное значение и со временем превратилось понятие «центр» - как административный, так и торговый.
Первое упоминание о слободе Царево Городище на реке Тобол относится ко времени проведения переписи Львом Поскочиным, проведенной в 1680 – 1681 годах. В этом документе датой основания поселения, в 1782 году получившего статус города Кургана, назван 1679 год. Поскочинская перепись является наиболее близким к тому периоду истории официальным документом, а, следовательно, наиболее точным. В 1785 году городу присвоен герб, в описании которого говорилось:
«…в зеленом поле два серебряных кургана: по имени города сего и в знак, что оные при самом городе находятся».
Ссыльный декабрист А. Розен отмечал в 1832 г.:
«Город имеет три улицы продольные с перекрестными переулками. Строения все деревянные, кроме двух каменных домов». На этих трех улицах были сосредоточены все присутственные места, храмы, больницы, торговые ряды и площади.
С середины XIX века город стал центром торговли продуктами земледелия и скотоводства (хлеб, сало, масло, мясо, кожи). В 1884г. была дана следующая характеристика региону:
«Промышленная и торговая деятельность губернии, ограничиваясь преимущественно удовлетворением насущных потребностей местного населения, не совершенствуется по недостаткам капиталов, предприимчивости и технических знаний, а также при неудобстве путей сообщения. Вследствие этих причин фабричное производство весьма незначительно. Заводская же промышленность, хотя и имеет развитие и направлена преимущественно на сырые продукты страны, но не заключает в себе достаточной предприимчивости…»
Среди наиболее крупных предприятий того времени можно отметить следующие:
- мукомольный завод Смолина, мельницы купцов Меньшикова и Дунаева,
- салотопенные заводы Смолина и Березина,
- кожевенный завод Гальстона,
- винокуренные заводы Смолина и братьев Ушаковых,
- Смолинский пивоваренный завод.
Однако со строительством Транссибирской магистрали, которая прошла через Курган, город начал быстро расти. В 1897 году через Курган было открыто сквозное движение от Челябинска до Иркутска.
Железная дорога способствовала проникновению в Зауралье не только русского, но и иностранного капитала. В 1896г. датская фирма «Полизен» открыла свою контору в Кургане по экспорту сибирского сливочного масла. Датская фирма «Брюль и Тегерсен» в 1907г. основала экспортную свинобойню, оснащенную машинами и холодильниками. В это же время появились и колбасно-беконные предприятия «Унион». Мясо в различном виде экспортировалось в торговые центры России, Англии, Германии, стран Скандинавского полуострова. В период с 1842 по 1913 годы число различных предприятий в Кургане и в Зауралье в целом выросло с 31 до 116.
Перед Октябрьской революцией 1917 г. Курган был развитым промышленным и культурным городом. Его население составляло около 40 тысяч человек. Работало 49 предприятий с шестью тысячами рабочих; действовали две больницы на 100 коек. Образованием занимались мужская и женская гимназии, церковно-приходские и ремесленные школы, уездное и приходские училища. Была открыта публичная библиотека, которую посещали более тысячи человек. Также работали театр, цирк, два электротеатра (кинотеатра), пять фотографий, две типографии, два книжных магазина.
За время гражданской войны власть в Кургане несколько раз переходила из рук в руки. В августе 1919г. сводным отрядом под командованием Н.Д. Томина из города были выбиты колчаковцы. И в течение года окончательно установилась советская власть. Из-за нестабильной политической и экономической обстановки пострадали многие предприятия и заводы, нередки были пожары. Основная часть промышленности была восстановлена лишь через несколько лет.
В период Великой Отечественной войны из западных районов страны в Курган было эвакуировано 15 промышленных предприятий и около 20 тыс. человек. Так во вновь созданный завод «Уралсельмаш» (впоследствии «Кургансельмаш») вошли предприятия из Гомеля, Кировограда, Москвы. Возобновили свою работу в Кургане: Трикотажная фабрика (Одесса), Черкесский машиностроительный завод (далее – КЗДС), Кременчугский завод Главстройдормаша (позднее – «Кургандормаш»).
Также на территории города были развернуты госпитали для раненых бойцов Красной Армии, были сформированы 32-й запасной лыжный полк и 165-я стрелковая дивизия.
6 февраля 1943 года Указом Президиума Верховного Совета СССР была образована Курганская область из 32 районов Челябинской области и 4 районов Омской области. Административным центром области стал город Курган.
14 июня 1982 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Курган награжден орденом Трудового Красного Знамени в связи с 200-летием получения статуса города и за успехи в народном хозяйстве.